Los sistemas operativos GNU/Linux pueden funcionar tanto en entorno gráfico como en modo consola, ya que el entorno gráfico no va explícitamente unido al resto de programas de manejo del sistema y puede usarse de forma opcional.36 La consola es común en distribuciones para servidores, mientras que la interfaz gráfica está orientada al usuario final, tanto de hogar como empresarial. Asimismo, también existen los entornos de escritorio, que son un conjunto de programas formado por gestores de ventanas, iconos y muchas aplicaciones que facilitan la utilización de la computadora en modo gráfico. Los escritorios más populares en GNU/Linux son: GNOME, KDE Plasma, LXQt, Xfce, MATE y Cinnamon, aunque existen muchos más, también puede usarse con solo los gestores de ventanas, que son la columna vertebral de los entornos de escritorio, y los encargados de dibujar la interfaz de las aplicaciones y la composición.
Las aplicaciones para GNU/Linux se distribuyen en una variedad de formatos debido a la diversidad de métodos de manejo de paquetes de software, algunos más preparados para ser ejecutados que otros. Mientras que en sistemas como Windows o MacOS el usuario normalmente busca el software de terceros por su cuenta; las distribuciones GNU/Linux fueron pioneras en los repositorios de aplicaciones soportadas oficialmente por el sistema operativo, similar a las tiendas de aplicaciones modernas, donde el usuario acude a buscar el software que desea instalar.3839 Las aplicaciones precompiladas existen mayoritariamente en los formatos .deb y .rpm, usados en Debian y Red Hat respectivamente y sus descendientes. También existe la posibilidad de compilar los programas en forma de recetas make a partir de su código fuente, y algunos desarrolladores de aplicaciones solo distribuyen su software de esta manera, transfiriendo la labor de crear un programa ejecutable a las distribuciones interesadas en empaquetar su aplicación, o al usuario por su propia cuenta, si lo desea.
Durante la primera época había pocas aplicaciones de código cerrado para GNU/Linux. Con el tiempo se fueron uniendo programas no libres al sistema GNU/Linux, entre ellos Adobe Reader, Adobe Flash, Opera, entre muchos otros. Algunos ejemplos de aplicaciones en GNU/Linux se pueden ver a continuación.
